>В 2006г. установил дверь стал-60 с замками (верхний - моттура, нижний плоский, не помню), есть карточка с кодом. Для закрывания сначала нужно повернуть верхний, а потом только нижний замок. Открывание в обратной последовательности. Недавно были украдены ключи. Могу ли я перекодировать их, или придется менять замки? И сколько это будет стоить?

Скорей всего у вас двусистемная моттура.
Про верхнюю часть точно не скажу (не знаю, с перекодировкой она или без, потребуется уточнить модель.)
А про нижнюю - скорей всего перекодировка невозможна (кроме случая если установили "светофор" и в комплекте замка три набора ключей)
Но при этом можно заменить личинку (цилиндр)

По ценам я, как не сотрудник компании, говорить некомпетентен, могу только посоветовать прикинуть вот здесь:
http://www.stalservice.ru/
http://www.stalservice.ru/l_price.php