>Сейчас идет отделка. Чистового пола еще нет. Известна его высота над черновым (3 см).
>Правильно ли я понимаю, что лучше установить дверь до укладки керамогранита (предполагается еще стяжка дополнительная под него чтобы выйти на 3 см.)?

Можно установить дверь как до так и после укладки полов. С точки зрения возможных повреждений - надежнее конечно сначала установить дверь. Главное верно указать уровень будущего пола, мы изготовим и установим дверь учитывая этот параметр.

>Насколько я понимаю при внешнем открывании лучше если рама будет заподлицо с полом холла?

Сделать порог совсем вровень с полом может не получится так как есть изгибы коробки под уплотнители, порог ступенчатый.
В любом случае, оптимальное положение порога лучше обсудить с замерщиком на месте.